Historia Bnina sięga epoki kamieni. Świadczą o tym wykopaliska na półwyspie szyja z tego okresu. Znajdowała się tam osada kultury łużyckiej oraz ważny wczesnopiastowski gród.
Obecnie Bnin jest częścią Kórnika. W XVI wieku posiadał osobne prawa miejskie. W tamtym okresie miasto było własnością Andrzeja Górki, który był jego właścicielem do swojej śmierci w 1551 roku. W tym czasie istniał tu również zbór luterański, który jednak upadł w 1592 roku.
W czasie II rozbioru Polski (1793) Bnin wraz z Kórnikiem został włączony do Królestwa Prus i prowincji Prusy Południowe. W okresie międzywojennym miasto znajdowało się w województwie poznańskim, a po II wojnie światowej nie zostało reaktywowane jako samodzielna gmina. W latach 1954-1960 istniała gromada Bnin, która po jej zniesieniu została włączona do gromady Kórnik-Południe.
Od 1960 roku Bnin pozostaje pod wspólną administracją z Kórnikiem, jednak mieszkańcy miasta starają się o przywrócenie mu praw miejskich. Przestrzennie Bnin pozostaje odrębną jednostką o charakterze miejskim, oddaloną od Kórnika o 1 km. Odrębność Bnina względem Kórnika jest widoczna choćby w oficjalnym herbie miasta Kórnika, który składa się z historycznych herbów Kórnika po prawej i Bnina po lewej.